第一个选项前剧情
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医大生匂坂郁紀遭遇一起严重的交通事故，失去了雙親，自己也受到重傷。经过一起實驗性質的脑外科手术后，郁紀苏醒了过来，但他发现原本熟悉的世界变了样。他所看到所有物体都是血和肉组成的，人们看上去就是会移动的肉块，而人们的话语变成像怪兽一样嘶哑的声音。连平常的食物吃起来都非常恶心。
正当他躺在病床上对这个世界绝望的时候，他遇到唯一一个看上去正常的人类，谜一样的少女“沙耶”。她是為寻找她的父亲而来到这个医院的。经过几次的见面以后，郁紀已经觉得她是唯一一个可以让他忍受活在这个世界上的理由，而邀请她在自己出院後到自己家里一起生活，并承诺帮助沙耶寻找父亲。她同意了他的邀请。
一直对郁紀有好感的瑶看到郁紀的异常举动，专程和郁紀單獨谈话。可这些关心的话语在郁紀听来全是恶心的声音。郁紀想和瑶断绝来往并朝她发火，瑶对此十分伤心。青海看到这种局面，决定和郁紀谈谈，当走进郁紀家中，看到沙耶之后吓坏了，随后成为沙耶的食物，郁紀回家后，看到沙耶在吃着什么，試著嚐了一些後发现这些“食物”很美味，沙耶明白郁紀喜欢吃与自己相同的食物，欣喜不已。
沙耶拥有改造生物体的能力，她希望通过这种方式帮助郁紀。她改造了郁紀邻居家的男主人的大脑，使他的感官世界与郁紀一样都是肉块。惊恐不已的他杀死了自己的妻儿。当看见美少女形态的沙耶之后，竟兽性大发，对沙耶施行强暴。郁紀這時剛好回家，看见这情景，怒杀邻居。沙耶告诉郁紀自己改造生物体的能力，询问郁紀是否希望回到正常的生活。
选项：回到正常生活到相应结局
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沙耶得知郁纪真心想回到原来的生活后，将郁纪的大脑再改造。第二天，郁纪醒来，发现自己的感官恢复正常，但却再也找不到沙耶。之后警察发现了邻居家三人和青海的尸体，于是以杀害四人的罪嫌将郁纪抓捕，在听完郁紀的解释后，警方将其送到了精神病院。在监狱中的郁纪回想着与沙耶的一切，到了某个深夜，监房门外传来“某些东西”爬行着的声音。郁纪知道那是沙耶。但郁紀只是听见外面怪异的声音，因为监房门所隔，郁纪也无法看到外面沙耶的样子。在他们会见的时间里，从门缝处，沙耶伸入一部手机，通过手机交流：“现在你一定认不出我的声音了……”“没关系，我只想再听到你的声音，再见到你。”郁纪回答。 “我已经不是你记忆中的沙耶了，请原谅我……”，看到这个，郁纪没有开口，只是微笑着把“我爱你”键入手机，递回去。门外，沙耶无声的哭泣。沙耶决定了要独自去寻找她的“父亲”，离开了。而郁纪在监房里面，一直等待着沙耶回来。
選項：已經不需要回頭了
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郁纪因為深愛沙耶，決定徹底放棄與這個世界的連結，他們冷靜地處理鄰居一家與青海的屍體，並決心一同對抗這個世界。另一方面，好友耕司和瑤查覺郁纪的異樣行為，分別採取行動，耕司與涼子醫生見面調查情報，並交換了電話號碼，然後暗中調查著郁纪，同時瑤被沙耶利用青海的手機引誘到郁纪家裡，然後被沙耶抓住。耕司被郁紀以調查的原因要求一起到奧涯教授的別墅，正當耕司發現不對欲打電話警告瑤時，卻聽到沙耶對瑤進行生物改造的聲音，此時郁纪突然毫不留情把他推入冰冷的井底，並嘲笑耕司一番後獨自離去。郁纪回到家中，沙耶開心的說著有禮物要送給他，看到的是他過去認識的瑤，當然事實上是被沙耶改造成怪物，精神也早已崩壞，成為郁紀與沙耶的寵物。耕司在井裡待了一天後被前來調查的涼子醫生救起，同時找到奧涯教授的地下研究室入口，在那裏發現了大量資料以及奧涯教授自殺後的屍體。一番調查過後，涼子警告耕司若繼續插手此事會有危險，建議他就此打住不管，但耕司堅持要查明事情真相，涼子無奈之下將奧涯教授用來自殺的手槍與四發子彈交給他防身。此時耕司尚抱持著一絲希望，離開別墅後再度打電話給郁纪，然而郁纪只是冷冷回答出青海可能被他吃下的事情。感到絕望的耕司駕車來到郁纪家，發現那裡早已人去樓空，而冰箱內的屍體，被他認出是摯愛女友青海的手。在這絕望與瘋狂下，耕司拿出了手提電話，決定聯絡一個人。
選項：打電話給郁纪的結局
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耕司決定獨自一人與郁纪決鬥，而郁纪已經設計了陷阱並購置武器。此時沙耶告訴他，自己有一項改造整個星球的能力──其實正是繁殖，也是沙耶來到這世界的目的。耕司在尋找郁纪藏身地時數度身中陷阱，被迫消耗體力，他遇到一個由扭曲肉塊構成的怪物，從聲音和行為他能感覺那「曾經是」瑤。瑤打算向耕司求助，耕司卻在極度恐慌下拿出涼子交給他的手槍對瑤開槍，並用盡了子彈，最後用隨手抓到的鐵棒打死了瑤，此時郁纪出現了。決鬥中雖然耕司成功打斷郁纪幾根肋骨，卻終究不敵沙耶的突襲，成為了沙耶的食物。郁纪和沙耶把耕司解決掉後，安心的抱在一起，此時沙耶的身體產生異變，即將開始繁殖，沙耶把花朵滿綻的世界做為禮物送給郁纪，就這樣羽化消失。回到涼子的視角，人群和街道都漸漸被腐爛肉塊及鮮血給感染（對郁紀來說卻是一個無比美麗的世界），同樣已被感染的她研究完了奧涯的手記，看到奧涯最後為沙耶獻上的祝福，希望沙耶最終能得到愛情並重拾繁殖的慾望。這是本遊戲唯一會播放形象主題曲「沙耶之歌」的結局，廣泛也被認為是好結局（雖然遊戲字幕是bad end）。
選項：打電話給涼子的結局
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耕司決定打電話給涼子，並相約見面一同討論對抗郁紀與沙耶的戰術。耕司與隱藏在後車廂的涼子一同駕車前往郁紀的藏身地，耕司首先遇到的是被改造後的瑤，並解決了她（與另一結局過程相同），就在耕司與郁紀最終決戰的時候，涼子突然現身，沙耶撲向涼子，這時涼子則拿出預先備好的液態氮交給耕司破壞沙耶的肉體，涼子打算開槍了結沙耶，手上的獵槍卻卡彈了，此時郁纪把握機會使用斧頭朝涼子猛劈，身受致命傷的涼子用重新裝填後的獵槍給沙耶最後一擊後死去。郁纪很快發現沙耶已經無法救治，他唯一值得生存在這世界上的理由也消失了，發狂地用頭猛撞斧頭死去。耕司無力阻止這一切，看到奄奄一息的沙耶爬向已死的郁纪，耕司猛力毆打沙耶，避免這個怪物靠近摯友的屍體，而最後沙耶緊緊抱著郁纪死去。最後，耕司獨自埋葬了郁紀與涼子的屍體，整件事成了懸案，世界也如同什麼都沒發生過的一樣回復正常。作為唯一的存活者，耕司卻不停做著郁紀、青海和瑤的噩夢，還得面對涼子的幻覺，他私下購買了一發子彈，並把它與手槍一起藏在家中。在一個煎熬的夜晚，他又想起了涼子的話：「槍是個好東西，不只可以用來在戰鬥中擊斃敵人，走投無路時還可以讓自己解脫......」這一發子彈，隨時為耕司「救贖」自己而準備著。